Od leta 1937 je predaval na Oddelku za zgodovino. Med vojno je bil interniran v Aprico, nato se je pridružil partizanom, kjer je leta 1944 prevzel vodstvo Znanstvenega inštituta pri predsedstvu SNOS. Po vojni je bil do leta 1948 pri zunanjem ministrstvu v Beogradu izvedenec za mejna vprašanja, potem se je vrnil na fakulteto, kjer je predaval do upokojitve. Med drugim je bil rektor (1952/1954) in prorektor (1954/1956) Univerze v Ljubljani ter redni član SAZU. Raziskovalno se je ukvarjal s socialno zgodovino, zgodovino mest, zanimala ga je tudi nacionalno-politična problematika.
V skladu s tedanjo kronološko orientacijo historičnega seminarja, prednika sedanjega Oddelka za zgodovino, je v disertaciji poudarek na srednjem veku, čeprav je delal tudi z novoveškimi viri. Tudi njegov glavni mentor Milko Kos je bil medievist. Na disertacijo je vplival njegov študij v Ljubljani in Dunaju. Dunajski vpliv v disertaciji se kaže tudi v tem, da mu je bil za nasvete na voljo njegov dunajski mentor Alfons Dopsch. Ta vpliv se kaže v vsebinskih poudarkih, močno je v obdelavi srednjeveških mest in meščanstva na Kranjskem, npr. zastopana pravna zgodovina. Poleg tega je obravnaval politično in gospodarsko zgodovino teh naselbin. Če to primerjamo s kasnejšimi dedovimi obravnavami iste tematike, lahko zagotovo rečemo, da je nanj močno vplivalo podoktorsko izpopolnjevanje v Parizu. Njegov kasnejši koncept pisanja o srednjeveških mestih na Slovenskem je širši, močneje je zastopana socialna zgodovina, poleg tega pa se je med študijem v Franciji še bolj razgledal po mednarodni literaturi. V svoji disertaciji, npr. še ni upošteval temeljnega dela o zgodovini srednjeveških mest belgijskega zgodovinarja Henrija Pirenna, čeprav je bilo napisano še pred njegovo disertacijo, v toliko večji meri ga je v svojih kasnejših razpravah, ki so upoštevane tudi v delih Milka Kosa in Boga Grafenauerja. Če vrednotimo disertacijo v tedanjem kontekstu, zagotovo lahko ugotovimo, da gre za izredno temeljito delo. To še toliko bolj pokaže tudi primerjava s petimi doktorskimi disertacijami iz geografije na dunajski univerzi med letoma 1900 in 1918, ki sem jo opravil pred kratkim. Tu se lepo pokaže, da so bila tedanja pričakovanja glede doktorske disertacije precej podobna temu, kar danes pričakujemo od magistrskih del bolonjskega študija. Velika količina novih rezultatov in dobra kontekstualizacija s tujo literaturo je bilo samo nekaj, kar je bilo zaželeno, ne pa nekaj, kar je bilo obvezno v doktorskih disertacijah tistega časa. Pri dedu pa je to vsekakor močno razvito.Tomaž Zwitter, sin in astrofizik:
Sem najmlajši sin Frana Zwittra, rojen, ko je imel on 56 let, se pravi nedvomno »benjaminček «. Kljub časovni razliki pa je oče izjemno vplival name. Sam delam sicer na področju astrofizike, učim na Fakulteti za matematiko in fiziko. Pa vendar: njegov vpliv je moj pogled na svet, pogled, kjer razmišljam tako, da je treba predvsem z lastno glavo vrednotiti dejstva, da je treba ta dejstva vrednotiti na osnovi podatkov, na osnovi virov, in da ni nič narobe, če kdaj premaknete kakšno mejo, če vam to občasno kljub vsemu uspe. Pokončen, samostojen, moralen pogled na znanost, pogled na učenje, na delo s študenti. Verjamem, da si enako kot on, v svoji skromni zmožnosti prizadevam, da bi tudi študenti mislili z lastno glavo in s tem nekaj prispevali k celotni družbi.Matevž Dular, vnuk in profesor strojništva:
Dedek si nikoli ni zares vzel časa zame, ker je, kar se jaz spomnim, vedno delal. Vsak dan sem prišel direktno iz šole k njemu v stanovanje, kjer sem čakal, da me starši poberejo. Vedno je bil v obleki, v kravati, v čevljih. Tega gotovo nisem prevzel po njem. Kar sem od njega »potegnil« je pitje kave in mizo imam mogoče še bolj razmetano, kot jo je imel on. Na izlete nismo hodili. Edinih izletov, ki se jih spomnim, so bili v Belo cerkev (verjetno za 1. november), to smo počeli vedno. Ko sem bil na začetku osnovne šole, sva igrala šah. Ali mi je pustil zmagati ali ne, ne vem, nikoli pa ni pustil, da bi on imel kakšno figuro manj na začetku. Igrali smo tudi tarok, pravila so bila zelo stroga, ni bilo »radelcov«, vse točke se je štelo, ni bilo zaokroževanja.Matjaž Zwitter, sin in onkolog :
Sem najstarejši sin Frana Zwittra, po poklicu zdravnik, sem upokojen, še vedno pa predavam medicinsko etiko in pravo na Univerzi v Mariboru. Svojemu očetu dolgujem nenasitno radovednost glede vseh vprašanj na tem svetu. Skušam se držati čim bolj široko. V naši družbi ni vedno sprejeto z razumevanjem, da pišeš o stvareh, ki so izven tvojega ožjega področja. Takšen je bil oče in takšni smo tudi njegovi otroci.Anja Dular, hčerka, bibliotekarka in arheologinja:
Študirala sem arheologijo, kasneje sem pristala med starimi knjigami, v Narodnem muzeju sem se začela ukvarjati s starimi tiski, kar se v modernem zgodovinopisju imenuje arheologija knjige. Torej niti po metodologiji niti po gradivu nisem šla daleč od svojega poklica, le da so tam artefakti, tu pa knjige. Vsi trije otroci Frana Zwittra smo šli vsak v svojo smer, to je rezultat pogovorov z očetom, kajti dopuščal nam je veliko svobode v mišljenju in razmišljanju. Nikoli nas ni usmerjal, o vsem se je bil pripravljen pogovarjati. Ko sem se odločila za arheologijo, je bil zelo zadovoljen. Podpiral me je in ko je prišla ideja, da bi delala diplomsko nalogo iz gradiva, ki je na Dunaju, mi je plačal tam tudi bivanje. Rekel je, da tisto, kar bom dobila od akademije, ne bo dovolj za življenje tam. Najbrž si je predstavljal življenje, kot ga je imel on kot študent.